De woorden overlappen grotendeels in betekenis.
 
kwestie         
‘waar het over gaat’, onderwerp, aangelegenheid, probleem, vraagstuk 
Geduld is een kwestie van kunnen wachten.
De kwestie in deze zaak was dat als gevolg van de verbreding van de A2 de stikstofconcentratie toenam.
 
zaak               
kwestie; ding, geschil, bedrijf 
Geduld is een schone zaak.
We moeten oppassen dat we door al dit gebakkelei de zaak in deze kwestie niet uit het oog verliezen.
 
De andere betekenissen van zaak (‘ding’, ‘geschil’ en ‘bedrijf’) vinden we terug in personen en zaken, rechtszaak, kapperszaak.
 
Wel heeft zaak een ruimere betekenis dan kwestie, en ligt bij kwestie soms meer de nadruk op een probleem dat moet worden opgelost. Zie de tweede voorbeelden: de kwestie in deze zaak en de zaak in deze kwestie. Het is ook wel logisch dat bij kwestie vaak meer het probleem of de vraag voorop staat: dit woord komt van een Latijns werkwoord dat ‘vragen’ betekent.