Er is een betekenisverschil.

 

lijn

verbinding tussen twee punten
Op lijn 3 zit vaak een heel humoristische conducteur.

 

route

weg naar de plaats van bestemming
Zal ik de snelste of de kortste route intoetsen?

 

En voor de taalliefhebbers beide woorden in één zin: De route van lijn 3 is gewijzigd.