Er is geen betekenisverschil, het gaat om een verschil in gebruik.

 

heimelijk

in het geheim
Wie is er nooit eens heimelijk verliefd geweest?

 

stiekem

in het geheim met kwade bedoeling, achterbaks, slinks
Mag je stiekem werknemers filmen?

 

Een heimelijke actie kan dus met de beste bedoelingen plaatsvinden, maar een stiekeme actie komt voort uit kwade wil.